Para orientar las acciones del Proyecto, Red SICTA dispone de un Comité Directivo compuesto por representantes de COSUDE, IICA, Consejo Agropecuario Centroamericano (CAC), centros internacionales de investigación que trabajan en la región centroamericana, SICTA, centros regionales de investigación y educación de la región, organismos no gubernamentales, organizaciones de productores relacionadas con los rubros del Proyecto y el sector empresarial.

Para su operación, Red SICTA cuenta la Unidad Ejecutora del Proyecto (UEP), ubicada en la Oficina del IICA-Nicaragua, la cual esta integrada por un Coordinador, un responsable del componente de Innovación Agrícola, un responsable del componente de Gestión del Conocimiento y un asistente administrativo.